据台湾媒体报道，马英九强调上任后首要推动两岸直航、开放周末包机的政见已经定案。国民党智库3日下午当面向马英九报告，马裁示积极推动，目前技术层面已无问题，“5·20”上任后，只要通过海基、海协两会达成协议，两岸周末包机最快可自7月4日首航。
两岸周末包机开放的首航时间，定为7月的第一个双休日前一天，即7月4日（星期五）。周末包机将从周五中午飞至周一中午。两岸航点，仍维持现有节日包机的规模，也就是由台北桃园机场与高雄小港机场再加清泉岗机场，飞往北京、上海、广州及厦门，估计8月初再逐步扩大到其他航点。
有关周末包机航线，在免除绕飞香港飞航情报区下，往北飞上海、北京等航点，将走马祖航线进入上海飞航情报区。往广州的航班，则经过金门附近往南折一点由汕头进入广州。往厦门的航班，也由金门附近偏南飞行。后面二者都不直接经过金门上空。
海运直航部分，“两岸人民关系条例修正案”已经送到“立法院”，若未来一个月能顺利三读通过，两岸往来船只不用经第三地绕航，可以直航。
